"Башнефть" входила в состав АФК "Система" Владимира Евтушенкова, в октябре 2014 года возвращена в государственную собственность. Акции компании котируются на Московской бирже. Основными акционерами "Башнефти" являются Российская Федерация в лице Росимущества (50% плюс 1 акция) и Башкирия (25% плюс 1 акция).